Pour passer à la vitesse supérieure, la médecine de précision, ou médecine personnalisée, ne peut se passer de l’intelligence artificielle. Un changement que les pathologistes commencent progressivement à intégrer, sans encore les maîtriser totalement. Le Consortium PortrAIt va donc les aider dans cette délicate transition. « Ce passage progressif au numérique est récent, explique Meriem Sefta, responsable en chef du diagnostic chez Owkin. Le déploiement d’outils d’IA soulève beaucoup de questions. Ces professionnels ont besoin d’accompagnement et de formation. » Un accompagnement dont a bénéficié le Dr Magali Lacroix-Triki, pathologiste à Gustave Roussy, partie prenante du Consortium. « Moi qui ne connaissais pas l’IA, j’ai beaucoup appris grâce à cette collaboration avec Owkin », reconnaît la référente en cancer du sein, présidente de la Division Française de l’Académie Internationale de Pathologie.
Né en juillet 2022, le projet a été officiellement dévoilé fin mars 2023. Sur cinq ans, PortrAIt vise à créer au minimum 15 outils d’IA pour pathologie numérique, qu’ils permettent d’accélérer le travail du pathologiste, détecter la présence de certains biomarqueurs, ou prédire l’évolution des patients. L’union fait la force et pour relever ce défi, le spécialiste mondial de l’IA appliquée à la médecine, Owkin, s’est entouré des plus grands experts en oncologie et en data science : Gustave Roussy (plus grand centre de lutte contre le cancer en Europe), la Fédération nationale des Centres de lutte contre le cancer Unicancer (dont les centres contribueront aux travaux, notamment via leurs services de pathologie), le Centre Léon Bérard (centre de lutte contre le cancer situé à Lyon), l’entreprise française experte des flux de travail en pathologie numérique Tribun Health et Cypath (groupe libéral de pathologie).
« La médecine de précision basée sur la pathologie numérique promet de transformer la façon dont nous diagnostiquons et traitons les maladies. Elle permet aux médecins d’adapter le traitement aux besoins spécifiques de leurs patients à un stade plus précoce, tout en démocratisant l’accès à un traitement personnalisé de haute qualité. PortrAIt donnera aux laboratoires d’anatomopathologie français les moyens de jouer un rôle de premier plan dans le développement de la prochaine génération d’outils de diagnostic alimentés par l’IA. In fine, notre objectif est de faire de la France le leader mondial de la médecine de précision basée sur la pathologie numérique » Meriem Sefta, responsable en chef du diagnostic chez Owkin.
PortrAIt va se décomposer en deux phases. Dans un premier temps, une plateforme, PortrAIt Lab, va voir le jour dès juillet 2023. « Les pathologistes auront un rôle à jouer dans le développement d’outils diagnostiques, en annotant des lames par exemple, pour entraîner les modèles d’IA, détaille Etienne Hatton, coordinateur du consortium. Cette grande quantité de données fera aussi de ce lab un support pour la recherche. »
Puis, une deuxième plateforme, de distribution cette fois-ci, fonctionnera un peu comme une market place. Elle sera gérée par Tribun Health et Owkin, et constituera une ressource fiable pour tous les acteurs du secteur, avec l’objectif de créer une filière de pathologie numérique. « L’idée est de faciliter la mise à disposition d’outils d’intelligence artificielle pour les pathologistes, en France et, à terme, à l’étranger », poursuit Etienne Hatton. C’est sur cette plateforme que seront disponibles une quinzaine d’outils diagnostiques d’IA, utilisables en routine en fin de projet d’ici 5 ans. La plateforme a également vocation à accueillir des outils d’autres entreprises d’IA. « Nous souhaitons mettre à disposition des pathologistes une offre la plus pertinente et complète possible », complète le coordinateur. Les professionnels médicaux pourront ainsi piocher au quotidien dans ces outils qui devraient affiner le diagnostic et leur faire gagner du temps, notamment dans la prise en charge du cancer. « Les algorithmes embarqués seront présents très tôt dans le processus de visualisation des lames scannées, notamment grâce aux logiciels de Tribun Health, précise le Dr Magali Lacroix-Triki. En fonction du patient, le pathologiste pourra avoir recours à ces algorithmes pour qu’ils lui fournissent des éléments supplémentaires de prédiction. »
Une première collaboration entre Owkin et Gustave Roussy a déjà fait ses preuves. En 2019, la startup a remporté le challenge « AI for Health » de la Région Île de France, organisé en partenariat avec Gustave Roussy. Les recherches alors initiées ont abouti au lancement, en septembre 2022, de RlapsRisk BC, une solution de pronostic basée sur l’IA pour prédire la probabilité pour une femme atteinte d’un cancer du sein précoce (ER+/HER2-) de rechuter après le traitement. Cet outil permet ainsi aux oncologues de déterminer quelles patientes à haut risque peuvent bénéficier de thérapies ciblées et quelles patientes à faible risque peuvent potentiellement éviter la chimiothérapie. ”Une collaboration fructueuse et amicale”, selon le Dr Magali Lacroix-Triki qui a débouché sur plusieurs projets de valorisation et de validation de RlapsRisk BC sur des patientes atteintes d’un cancer du sein.
PortrAIt est doté d’un budget de 33 millions d’euros, financé par France 2030 (opéré pour le compte de l’Etat par Bpifrance) et par l’Union européenne (Next Generation EU dans le cadre du plan France Relance).
Ce consortium est né en réponse à un appel à projet I-Démo du plan France 2030 qui a pour objectif le développement d’entreprises industrielles et de services sur les marchés porteurs, créateurs de valeur et de compétitivité pour l’économie française, en l’occurrence le secteur de la santé numérique. En plus du cancer du sein, des projets vont également s’intéresser aux biomarqueurs d’autres cancers, comme celui du poumon.
